Spécialité : Limnologie, écosystème
Sujet de thèse : Les communautés bactériennes des lacs d’Annecy et du Bourget : Dynamique, structure et principaux facteurs de régulation.
Date : 12 novembre 2010 (14h00)
Lieu :
UMR CARRTEL
Salle de Conférences de l’INRA
75 Ave de Corzent
74203 Thonon-les-Bains
Résumé :
Le travail présenté dans ce manuscrit de thèse s’insère dans la perspective d’une meilleure compréhension du fonctionnement des communautés microbiennes dans les lacs péri-alpins profonds. Une partie importante de ce travail a consisté à analyser, sur des échelles de temps et d’espace différentes (courtes vs. longues, épi- vs. hypolimnion), les effets des facteurs « top-down » et « bottom-up » sur la dynamique structurelle intra- et interannuelle de la communauté bactérienne libre, en combinant des approches écosystémiques et expérimentales dans deux lacs de niveaux trophiques différents (lac d’Annecy et lac du Bourget, Haute-Savoie, France). Nous avons trouvé une dynamique très variable de la structure de la communauté bactérienne au cours du temps, aussi bien entre les lacs qu’au sein d’un même lac. Parmi les 12 variables environnementales et biologiques considérées, plus de 80% d’entre-elles semblaient intervenir dans l’évolution temporelle de cette structure, soulignant la complexité des paramètres impliqués dans la dynamique structurelle de la communauté bactérienne au sein de ces lacs. Une proportion importante de la variance (>60% en moyenne) était expliquée uniquement par les facteurs « bottom-up » et ce résultat était très similaire dans les deux lacs. Les facteurs « top-down » tendaient à s’exprimer principalement dans l’hypolimnion, avec un effet (i) variable entre ciliés, flagellés et virus, et (ii) plus faible comparativement aux facteurs « bottom-up ». L’approche expérimentale réalisée en parallèle à différentes périodes de l’année a permis d’évaluer plus finement l’impact de la prédation par les flagellés et de la lyse virale sur la communauté bactérienne à des échelles de temps plus appropriées (i.e. jours). Malgré la spécificité de certains phylotypes à certains traitements, aucune tendance n’a pu être clairement établie en ce qui concerne leur implication dans l’évolution de la structure bactérienne. Ceci témoigne encore une fois de la complexité des paramètres intervenant dans la dynamique de cette structure dans les lacs péri-alpins français. Par ailleurs, l’action additive de l’activité lytique et de la prédation jouerait un rôle important dans le maintien d’une forte production bactérienne dans ces systèmes.
Laboratoire de recherche : UMR CARRTEL - Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques
Contact :
Soutenance de thèse de Lyria BERDJEB
